Op de afdeling Kindergeneeskunde vindt research op hoog niveau plaats. Belangrijke peilers zijn kinderoncologie, kinderlongziekten, kindergastro-enterologie (maag-, darm- en leverziekten), epidemiologie, de IC Neonatologie (NICU), het Moeder en Kind Centrum, het centrum voor lysosomale stapelingsziekten.

Het hoofdthema van onderzoeksactiviteiten van de afdeling Kinderchirurgie betreft aangeboren anatomische afwijkingen met een basale lijn die etio-pathogetisch is georiënteerd. Verder bestaat er een klinische lijn die naar de effecten van aangeboren afwijkingen op lange termijn kijkt en doet de afdeling onderzoek op het gebied van pijn, en van patiëntveiligheid. Recent is een experimentele onderzoekslijn gestart op het gebied van de endoscopische chirurgie.  

De belangrijkste opdracht voor de Kinder Chirurgische Groep is (poli)klinische zorg aan kinderen; wetenschappelijk onderzoek loopt via de moederspecialismen in het Erasmus MC.

De afdeling Kinder- en Jeugdpsychiatrie richt zich vooral op psychiatrische problemen bij kinderen en jeugdigen in de algemene bevolking. Zo is de afdeling een belangrijke participant in de Generation R-studie, een grootschalig onderzoek van het Erasmus MC naar de ontwikkeling van 10.000 kinderen vanaf de geboorte tot in de volwassenheid. Ook verricht de afdeling onderzoek onder patiëntengroepen zoals kinderen en jeugdigen met een angststoornis of met aan autisme verwante stoornissen.