Klinische Genetica Laboratorium

Het klinische laboratorium van het Erasmus MC verricht diagnostiek naar erfelijke en genetische ziekten, met de volgende drie expertisegebieden:

• Genoomdiagnostiek oncogenetica:
  Erfelijke vormen van kanker, tumorsyndromen, en verkregen afwijkingen bij hematologische maligniteiten
• Genoomdiagnostiek aanleg & ontwikkeling:
  Alle andere genetische aandoeningen, prenataal en postnataal (waaronder aangeboren afwijkingen en cardiovasculaire, metabole, neurologische aandoeningen) en reproductieve genetica
• Genetische Metabole en Enzymdiagnostiek
  Metabole aandoeningen

Aanvullende informatie over ons laboratorium:

• Ons laboratorium is ISO15189 (M105) geaccrediteerd. De verrichtingen die onder onze accreditatie vallen vind u hier
• Onder laboratoriumspecialisten zijn geregistreerd bij de VKGL (Vereniging Klinisch Genetische Laboratoria) en/of European Board of Medical Genetics: Start
• Als academisch laboratorium werken we intensief samen met toonaangevende onderzoeksgroepen om innovaties sneller te vertalen naar diagnostiek die direct van waarde zijn voor patiëntenzorg
• Klinische Genetica is een vakgebied dat zich snel ontwikkelt. Het laboratorium is leidend in het direct implementeren van nieuwe ontwikkelingen in het diagnostische traject. Lees hierover meer bij het aandachtsgebied Translationele genetische diagnostiek

Op onderstaande aanvraagformulieren zijn de algemene voorwaarden van toepassing. Deze kunt u vinden op de landingspagina Laboratoriumdiagnostiek van het Erasmus MC. 

Onze interne aanvraagformulieren vindt u op intranet (Agora). Log hier eerst in en klik vervolgens op aanvraagformulieren.

Genoomdiagnostiek

• Cytogenetisch onderzoek
  Prenataal Cytogenetisch Onderzoek (pdf, digitaal invulbaar)
  Postnataal Cytogenetisch Onderzoek (pdf, digitaal invulbaar)
  Tumorcytogenetisch Onderzoek (pdf, digitaal invulbaar)
  
  
• DNA- en sequencing-onderzoek
  Next Generation Sequencing (pdf, digitaal invulbaar)
  Instructie HPO aanvragen (pdf)
  DNA onderzoek (pdf, digitaal invulbaar)
  NIPT cellfree DNA (pdf, digitaal invulbaar)
  
  
• Metabool, enzym en functioneel onderzoek
  Metabool / Basisdiagnostiek (pdf, digitaal invulbaar)
  Diagnostisch Enzym, Functioneel en RNA Genetisch Onderzoek (pdf, digitaal invulbaar)
  
  
• Engelstalige formulieren
  Functional Genetic Analysis Request Form (pdf, digitally fillable)
  Request Form Laboratory Clinical Genetics (pdf, digitally fillable)
  
  

Informed consent by Whole Genome Sequencing (WGS). 
Bij het aanvragen van WGS-gebaseerde diagnostiek is informed consent van de patiënt vereist in verband met de kans op een nevenbevinding. Gebruik hiervoor het toestemmingsformulier uitgebreid DNA-onderzoek hieronder. Voor meer informatie zie: Informatie uitgebreid DNA-onderzoek. Ondersteunend informatiemateriaal is tevens beschikbaar via VKGN. 

Toestemmingsformulieren uitgebreid DNA-onderzoek (per taal)

• Nederlands
• Engels
• Arabisch
• Turks

Patiëntinformatie:
Informatie uitgebreid DNA onderzoek - Patiënt NL

Om een goede uitslag te kunnen garanderen is het noodzakelijk dat het materiaal:

• Goed wordt afgenomen
• Bij de juiste temperatuur wordt bewaard
• Goed verpakt en getransporteerd wordt

Daarvoor zijn Afname- en verzendinstructies (pdf) opgesteld.

Voor de verschillende onderzoeken hanteren we de volgende uitslagtermijnen:

• Genoomdiagnostiek (prenataal en postnataal): 2 tot 8 weken*, **
• Genetische Metabole Diagnostiek: maximaal 5 weken
• Genetische Enzymdiagnostiek: afhankelijk van het onderzoek; 2 tot 12 weken*
• Diagnostische Functionele Genetica: afhankelijk van het onderzoek; 2 tot 16 weken

* Spoedindicatie: 2 werkdagen tot 2 weken (spoedWGS prenataal: 9-18 dagen; spoedWGS postnataal maximaal 24 dagen)
**WGS: 12 weken (m.u.v. Clinical Genome analyses: 17 weken)

Voor meer specifieke informatie: zie uitslagtermijnen (pdf)


 

Voor alle informatie over onze laboratoriumdiagnostiek verwijzen wij u naar de overzichtspagina Laboratoriumdiagnostiek van het Erasmus MC. Op deze pagina vindt u uitgebreide informatie over onze aanbod in de bepalingenwijzer, evenals bijbehorende voorwaarden en tarieven, de benodigde aanvraagformulieren en instructies voor het correct en veilig opsturen van materiaal naar ons laboratorium. 

Meer informatie per aandachtsgebied vindt u hieronder en op de website van de Vereniging Klinische Genetica Nederland.

• Bent u verwijzer en heeft u een vraag over de verwijzing van uw patiënt? Bezoek onder verwijzers website
• Bent u patiënt en wilt u meer weten over het specialisme Klinische Genetica? Bezoek de website voor patiënten 

Bij mogelijke bloedverwantschap (consanguïniteit) tussen aanstaande ouders kan het DNA van beide wensouders worden onderzocht op gedeeld dragerschap van autosomaal recessieve aandoeningen die op kinderleeftijd tot een (ernstige) aandoening kunnen leiden. Dit onderzoek wordt uitgevoerd door middel van WGS en dient te worden aangevraagd door een klinisch geneticus (zie voor meer informatie: instructie Preconceptie dragerschapsonderzoek).

Wij verrichten ook onderzoek op chromosomaal niveau, door middel van karyotypering (chromosoomonderzoek met bandering) en/of FISH (fluorescentie-in-situ-hybridisatie). Dit onderzoek is geïndiceerd bij een vermoeden van een grote chromosomale verandering, zoals winst of verlies van een (deel van een) chromosoom, of uitwisseling van chromosoomdelen (translocatie). Ook wordt het ingezet bij:

• Herhaalde miskramen (beide partners worden onderzocht)
• Verdenking op trisomie: syndroom van Down (+21), syndroom van Edwards (+18) of syndroom van Patau (+13)
• Syndroom van Klinefelter (+X bij een man) of syndroom van Turner (-X bij een vrouw)
• Mannelijke en vrouwelijke fertiliteitsproblemen
• Dragerschapsonderzoek bij bekende chromosomale afwijkingen

Bij patiënten zonder specifieke syndromale verdenking kan een submicroscopische afwijking aanwezig zijn, zoals een microdeletie of -duplicatie. Hiervoor gebruiken wij een SNP-array, die ook wordt ingezet om winst of verlies van hele chromosomen of grote chromosoomdelen op te sporen.

FISH-onderzoek passen wij met name toe bij zeer gerichte vraagstellingen, bijvoorbeeld om een gebalanceerde translocatie aan te tonen (die met karyotypering moeilijk zichtbaar is), of om snel het genotypisch geslacht te bepalen bij pasgeborenen met ambigue genitaliën.

Erfelijke Tumoren

Wij bieden gerichte diagnostiek (targeted NGS) aan voor een breed scala aan erfelijke tumorsyndromen, waaronder: 

• Borst- en ovariumkanker (o.a. ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CHEK2, PALB2, RAD51C, RAD51D)
• Darmkanker, waaronder familiaire adenomateuze polyposis/FAP-MAP (APC, MUTYH, NTHL1) en Lynch-syndroom/HNPCC (MLH1, MSH2, MSH6)
• Pancreaskanker (o.a. ATM, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, PALB2, STK11)
• Prostaatkanker (o.a. ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, HOXB13, PALB2)
• Li-Fraumeni syndroom (TP53)
• Von Hippel-Lindau syndroom
• Paragangliomen en feochromocytomen
• Neurofibromatose type 1/2, Legius syndroom en schwannomatose (inclusief multiple meningeomen/schwannomen)
• Niercelcarcinoom (FH, FLCN/Birt-Hogg-Dubé)
• Maagkanker, diffuus type
• BAP1 tumorpredispositiesyndroom (inclusief erfelijk uveamelanoom)
• PTEN Hamartoma Tumor syndroom (PHTS)
• DICER1-syndroom
• Rhabdoïde tumorpredispositiesyndroom
• Tubereuze sclerose complex
• Cylindromatose / Brooke-Spiegler syndroom

Aanvraag van targeted NGS-panels verloopt via het NGS-aanvraagformulier. Voor een aantal van deze syndromen (o.a. borst- en ovariumkanker, pancreaskanker) is naast de volledige panelanalyse ook losse MLPA-analyse mogelijk voor deletie-/ duplicatieonderzoek in specifieke genen.

Primaire Immuun Deficiënties (PID) 

Voor PID genereren wij WGS-data en analyseren wij deze met het aangevraagde gen-panel als uitgangspunt. Hierbij gebruiken wij de Human Phenotype Ontology (HPO) om patiëntkenmerken te koppelen aan mogelijke genetische oorzaken. Deze HPO-termen moeten worden aangeleverd; hoe specifieker en beter gedefinieerd de termen zijn, hoe betrouwbaarder het analyseresultaat wordt [Instructie HPO-termen inleveren bij het aanvragen van genetisch onderzoek].

Tumorcytogenetisch onderzoek

Tumorcytogenetisch onderzoek voeren wij uit door middel van karyotypering, FISH en SNP-array. Wij verrichten dit onderzoek op chromosomaal niveau met karyotypering (chromosoomonderzoek door middel van bandering) en/of FISH (fluorescentie-in-situ-hybridisatie). Tevens worden winst en verlies van (delen van) chromosomen gedetecteerd m.b.v. SNP-array. 

Tumorcytogenetisch onderzoek is geïndiceerd bij een vermoeden van een hematologische maligniteit en wordt bijna altijd samen met andere vormen van diagnostiek zoals cytomorfologie, moleculaire diagnostiek, immunofenotypering en pathologisch onderzoek verricht. Hiervoor wordt door diverse afdelingen binnen het Erasmus MC nauw samengewerkt met één aanvraagformulier en een brochure waarbij per ziektebeeld vermeld is wie wat doet (link naar hematologie IDHO op aanvraagfor website zowel voor aanvraagfor als naar brochure. Acute leukemie (AL), waaronder AML en ALL.

• Chronische myeloïde leukemie (CML)
• Plasmacelaandoeningen (MM, MGUS, Amyloidose)
• Myelodysplastisch syndroom (MDS)
• Myeloproliferatieve neoplasie (MPN)
• Hypereosinofiel syndroom (HES)
• Lymfoom
• Overige tumoren

Het onderzoek kan op verschillende momenten in het ziekteverloop worden aangevraagd, bijvoorbeeld bij diagnose, follow-up, recidief, remissie of blastencrisis, of na stamceltransplantatie (SCT).

Bij een verdenking op erfelijke stofwisselingsziekten (genetische afwijkingen in het metabolisme) voeren we biochemische diagnostiek uit. 

Hiervoor gebruiken we metabolomics: kwantitatieve en kwalitatieve analyse van een groot aantal metabolieten in urine, plasma of liquor, met state-of-the-art analytisch-chemische technieken zoals tandem massaspectrometrie en hoge-resolutie massaspectrometrie. Een afwijkende metaboliet(concentratie) kan wijzen op een verstoring in het metabolisme, passend bij een erfelijke metabole ziekte.

Bij een verdenking op een erfelijke metabole ziekte met een bekend enzymdefect kan enzymdiagnostiek worden uitgevoerd. In ons enzymlaboratorium kan van meer dan 100 verschillende erfelijke metabole ziekten het enzymdefect worden vastgesteld. Afhankelijk van het type ziekte is verschillend materiaal nodig: bloed, huidbiopt of gekweekte huidfibroblasten, spier of lever. 

Ook voor de meeste erfelijke metabole ziekten is prenatale diagnostiek mogelijk, meestal via direct onderzoek van chorionvilli (11^e/12^e week); soms zijn gekweekte villuscellen of vruchtwater(cellen) nodig. 

Bij genetisch onderzoek worden regelmatig varianten gevonden waarvan niet met zekerheid gezegd kan worden of deze pathogeen zijn. Zulke variants of uncertain clinical significance (VUS) hebben vaak een effect op transcriptie of mRNA-splicing. Met RNA-onderzoek kunnen wij nagaan of een genetische variant leidt tot afwijkende mRNA-splicing. De resultaten kunnen bijdragen aan een betere interpretatie en, waar relevant, aan herclassificatie van de variant.

Daarnaast zetten wij RNA-onderzoek in bij patiënten bij wie DNA-onderzoek geen relevante genetische oorzaak heeft opgeleverd. Zowel één of enkele genen, gen-panels als HPO-termen kunnen hierbij als uitgangspunt dienen voor dit transcriptoom-onderzoek.

RNA-onderzoek is in vrijwel alle gevallen mogelijk: op RNA uit bloed (PAX-buizen), uit fibroblasten verkregen via een huidbiopt, of door middel van een exon-trapping assay, waarbij geen patiëntmateriaal nodig is.

Voor een aantal relatief frequente genetische aandoeningen bieden wij gericht diagnostisch VUS-eiwitonderzoek aan:

• PTEN-hamartoomtumorsyndroom (PHTS) — varianten in PTEN
• Lynch-syndroom — varianten in MSH2, MSH6, PMS2, MLH1
• Neurofibromatose — varianten in NF1, SPRED1
• Tubereuze sclerose en mTOR-pathieën — varianten in TSC1, TSC2, MTOR, GATOR-complex

Door gebruik te maken van nieuwe sequencingtechnieken zoals long-read nanopore sequencing krijgen wij beter inzicht in de moleculaire oorzaken van genetische en erfelijke aandoeningen. Long-read nanopore sequencing zetten wij inmiddels in voor:

• Ultrarapid diagnostiek bij ernstig zieke kinderen op de intensive care, waarbij een snelle diagnose direct van invloed kan zijn op de behandeling (Smits et al., European Journal of Human Genetics, 2026)
• Neurodegeneratieve aandoeningen en bewegingsstoornissen, met name voor de detectie van repeat-expansies (short tandem repeats, STR's)

Daarnaast ontwikkelen wij toepassingen voor methylatie-analyse in de diagnostiek, als aanvulling op de bestaande mogelijkheden binnen long-read sequencing.

Verder ligt een sterke focus op het maximaal benutten van omics-technieken en van beschikbare WGS- en omics-data, met als doel meer patiënten met een zeldzame, nog onopgeloste aandoening alsnog een diagnose te kunnen geven.